Des scientifiques découvrent des ravages du génome massif dans le cancer du sein

        

 Des scientifiques découvrent des ravages considérables du génome dans le cancer du sein "title =" Des scientifiques découvrent des ravages du génome massif dans le cancer du sein "/></div><p>        </p><p>Dans les cellules cancéreuses, les erreurs génétiques font des ravages.</p><p>Des gènes mal orthographiés, ainsi que des variations structurelles – des réarrangements à grande échelle de l'ADN pouvant englober de gros morceaux de chromosomes – perturbent des mécanismes soigneusement équilibrés qui ont évolué pour réguler la croissance cellulaire.</p><p>Des gènes normalement silencieux sont massivement activés et des protéines mutantes sont formées.</p><p> </p><p> </p><p>Ces perturbations, parmi d’autres, provoquent une pléthore de problèmes qui poussent les cellules à se développer sans contrainte, la caractéristique la plus célèbre du cancer.</p><p>Récemment, des scientifiques du laboratoire Cold Spring Harbor (CSHL) ont publié dans Genome Research l’une des cartes les plus détaillées jamais faites des variations structurelles du génome d’une cellule cancéreuse.</p><p>La carte révèle environ 20 000 variations structurelles, dont peu ont été signalées en raison de limitations technologiques dans une méthode de séquençage du génome très populaire.</p><p>L'équipe a lu les génomes des cellules cancéreuses avec une technologie de séquençage dite à longue lecture. Cette technologie permet de lire des segments d'ADN beaucoup plus longs que les anciennes technologies à lecture courte.</p><p>Lorsque les résultats sont interprétés avec deux progiciels sophistiqués récemment publiés par l'équipe, deux avantages sont évidents: le séquençage à lecture longue est plus riche en informations et en contexte.</p><p>Il peut, par exemple, mieux comprendre des segments répétitifs de lettres d'ADN – qui imprègnent le génome – en partie en les voyant dans un contexte physique plus vaste.</p><div style=
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L'équipe a démontré la puissance de la technologie de lecture longue durée en l'utilisant pour lire les génomes de cellules dérivées d'une lignée cellulaire appelée SK-BR-3, un modèle important pour les cellules cancéreuses mammaires. également appelé ERBB2).

Environ 20% des cancers du sein sont «HER2-positifs», ce qui signifie qu'ils surproduisent la protéine HER2. Ces cancers ont tendance à être parmi les plus agressifs.

«La plupart des 20 000 variants que nous avons identifiés dans cette lignée cellulaire ont été manqués par un séquençage à lecture courte», explique une chercheuse, Maria Nattestad, Ph.D.

«D'un intérêt particulier, nous avons trouvé un ensemble très complexe de variations de l'ADN entourant le gène HER2.»

Dans leur analyse, l'équipe a combiné les résultats du séquençage à longue lecture avec les résultats d'un autre type d'expérience qui lit les messages ou les transcriptions générés par les gènes activés.

Cette image plus complète donne un compte rendu extraordinairement détaillé de la façon dont les variations structurelles perturbent le génome dans les cellules cancéreuses et éclaire la manière dont les cellules cancéreuses évoluent rapidement.

Schatz, un autre chercheur, dit qu'il est «essentiel de continuer à établir un catalogue de variantes de types de cellules cancéreuses en utilisant les meilleures technologies disponibles.

Le séquençage à longue lecture est un outil précieux pour saisir la complexité des variations structurelles. Nous nous attendons donc à ce qu'il soit largement utilisé dans la recherche et la pratique clinique, d'autant que les coûts de séquençage diminuent encore. »

 

 

        

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